با وجود آنکه ارسطو برای هر رشته علمی اصول موضوعه‌ای خاص عرضه‌کرد، آنچه بیکن در آثار فیلسوفان یونانی جای آن را خالی می‌یافت اصلی بنیادین یا نظریه‌ای عمومی دربارهی علم بود که بتوان آن را برای تمامی شاخه‌های فلسفه و تاریخ طبیعی به کاربرد.
از نظر بیکن، کیهانشناسی ارسطو، همچون نظریهی او دربارهی علم، منسوخ شده بود و به تبع آن نظرات بسیاری از اندیشمندان قرون‌میانه که از او پیروی می‌کردند نیز چنین بود. او ارسطو را به طور کامل رد نمی‌کند، اما با تفسیر انسانگرایانه از او که با تأکید بر قیاس و جدل(علم عملی درمقابل هرمنوتیک متنی) همراه است و تلقی متافیزیکی از فلسفه طبیعی مخالفت میکند و به هواداری از صور طبیعی(یا پدیده‌های متعلق به طبیعت به مثابه شیوه‌های ساخت‌یافتهی کنش، نه ساخته‌های دست انسان) می‌پردازد که سطوح آن، به شکل هرم دانش، با ترتیب ساختاری خود طبیعت مطابقت دارد.
از میان ارسطوییان مدرن تنها شاخهی ونیزی یا پادویی آن که زابارللا نماینده آن بود به بیکن نزدیک شدند. از سوی دیگر، بیکن تلسیو را که- از نظر او- در غلبه بر کاستی‌های ارسطو تنها نیمی از راه را پیموده بود، مورد انتقاد قرارداد. جدال او با سنت از سال 1603 آغاز شد. او از پیش، هرگونه آمیزش فلسفه طبیعی و الهیات را رد کرده بود؛ او تصویری کلی از روش جدید خویش فراهم آورد و حکم کرد که پایان دانش زمانی فرامی‌رسد که "تمامی اعمال و امکان‌های عمل، از جاودانگی (چنانچه امکان‌پذیر باشد) تا ناچیزترین عمل مکانیکی، کشف شود".
بیکن پس از معرفی ساخت نظام‌مند و نوین خود دربارهی رشته‌های علوم در کتاب پیشرفت آموزش به جدال خویش با سنت ادامه می دهد. او در ابتدا به میراث یونان و روم باستان می‌پردازد و کتاب آموزی انسان‌گرایان آن دوره را بر این اساس رد میکند که "آنها بیشتر در پی واژه‌ها هستند تا محتوی". او برنامه آموزشی دانشگاه کیمبریج را براین مبنا که بر آموزش پیچیده و جدلی "ذهن‌هایی تهی و عاری از محتوی" بیش از اندازه تأکید میکند، به همان صورت مورد انتقاد قرارمی‌دهد. او برداشت ارسطو از علم به مثابه شناخت علل ضروری را دوباره صورت‌بندی میکند و از نظر کارکردی دگرگون می‌سازد. او منطق ارسطو را که بر نظریه متافیزیکی‌اش مبتنی است رد میکند. نظریه‌ای متضمن این آموزه نادرست که تجارب حاصل از حواس (اشیا آنگونه که پدیدار می‌شوند) به طور خودکار اشیا را آنگونه که هستند به فاهمهی ما می‌نمایانند. درعین حال، ارسطو از به کاربردن تمایزات مفهومی عام و انتزاعی جانبداری میکند که با اشیا آنگونه که وجود دارند، مطابقت ندارد. با وجود این، بیکن برداشت جدید خود از فلسفه اولی را به مثابه فرا-سطحی برای تمامی رشته‌های علمی عرضه میکند.
بیکن از سال 1606 تا 1612 کار خود را بر روی فلسفه طبیعی، در چارچوب جدال با سنت، ادامه داد. بیکن فیلسوفان پیشاسقراطی به‌ویژه اتمیستها و از میان آنها دموکریتوس در مقام فیلسوفی سرشناس را ازنو برای خود تفسیر کرد. او فلسفه طبیعی دموکریتوس را بر تمرکز فیلسوفان اسکولاستیک- و بنابراین ارسطوییان- بر منطق استنتاجی و باور به اولیای امور ترجیح می‌دهد. بیکن از هیچ رویکرد مبتنی بر سنت انتظار ندارد که با پژوهشی مستقیم دربارهی طبیعت آغاز شود و به شناخت کلی و تجربی ارتقا یابد. این انتقاد به کیمیاگری، جادوگری و ستاره‌شناسی نیز تسری می‌یابد، زیرا "روش‌های" این "رشته‌ها" بر بصیرت‌های پراکنده استوارند و برای بازآفرینی پدیده‌های طبیعی مورد بررسی استراتژی‌ای در اختیار ندارند. او آثار تخصصی دوران خود را از آن حیث که فاقد نگرشی جدید نسبت به طبیعت و عاری از برنامه‌ای روش‌شناختی و نوآورانه هستند، مورد انتقاد قرارمی‌دهد. بیکن این وظیفه را درمورد یونان و روم باستان، مدرسیان و هم عصران خود انجام می‌دهد. او نه تنها افلاطون، ارسطو و گالن بلکه ژان فرنل، پاراسل‌سوس و تلسیو را نیز به خاطر این کاستی‌ها سرزنش میکند. حال آنکه اتمیستهای یونانی و راجر بیکن را می‌ستاید.
دستنوشته‌های بیکن از پیش، به آموزه بتهای ذهنی به عنوان شرط ضروری تأسیس علم عملی (scientia operativa) اشاره میکند. او منطق استنتاجی را آنگونه که مدرسیان به کارمی‌برند به تاری که عنکبوت از امعا و احشا خود آن را بیرون می‌آورد، تشبیه میکند؛ درحالی که زنبور عسل مظهر علم عملی معرفی می‌شود. فیلسوف تجربه‌گرا به وسیله روش استقرایی خود، مواد یا محصولات طبیعی را همچون زنبور جمع‌‌آوری میکند و سپس آنها را به شناخت تبدیل میکند تا عسلی تولید کند که برای تغذیه سالم مفید است.
بیکن در نوشتار تکمیلی‌اش، ردیه‌ای بر فلسفه‌ها، با اشاره به آموزه حقیقت دوگانه، طرح تجربه‌گرایانه خود را ادامه می‌دهد، در حالی که در اصول و خاستگاه‌ها نظریه‌های کیمیاگرانه مربوط به دگوگونی جوهرها را به هواداری از اتمیسم یونانی رد میکند. اما در همان متن، او از تلسیو، هم‌عصر خویش، به سبب ترویج نوعی تجربه‌گرایی غیرآزمایشی و نصفه‌نیمه به شدت انتقاد میکند. هرچند که تلسیو نشان می‌دهد "مدرنی" معتدل است اما با حفظ باور خود به عنصر پنجم (quinta essentia) و آموزه دو جهان که دو شکل از قانون طبیعی را پیش‌فرض می‌گیرد(یک شکل برای جهان زیرماهی(sublunary) و دیگری برای فضای ابرماهی(superlunary))، به چارچوب ارسطویی متکی می‌ماند.
نظر شما