در ادامه بررسی آموزش فلسفه اسلامی به روش آموزش مسئلهمحور می‌پردازیم. در این روش دانشجویان با کلیات مسائل فلسفه اسلامی آشنا شده و جریان‌ها و آرای فیلسوفان را به‌خوبی می‌شناسند.
بنا به یک تقسیم کلاسیک، همچون دیگر علوم، فلسفه نیز در کنار موضوع و مبادی دارای مسائلی است که پیرامون موضوع آن یعنی موجود به ماهو موجود طرح می‌شود. دسته‌بندی این مسائل در محورهای مشخص، کلی‌ترین مباحث فلسفی را تشکیل می‌دهد. مباحث عامه وجود، ماهیت و عوارض آن، ثابت و متغیر، علت و معلول، علم و عالم و معلول، حدوث و قدم و الهیات بالمعنی‌الاخص از مهم‌ترین مباحث سنتی فلسفه هستند که هر یک در خود در بر دارنده مسائل فلسفی فراوانی هستند.
در روش آموزش مسئلهمحور، همچون علوم پایه چون فیزیک و ریاضی، آموزش فلسفه بر اساس مباحث کلی فلسفی صورت می‌گیرد. بدین معنا که پس از دسته‌بندی مسائل و نظریه‌ها در طبقه‌بندی‌های مشخص، آموزش بر اساس پیشروی گام‌به‌گام این مسائل صورت می‌گیرد. در این روش استاد پس از طرح هر مساله به معرفی نظریه‌های گوناگون و تلاش‌های مختلف در جهت حل آن می‌پردازد. به دیگر سخن در روش موضوع‌محور، بر اساس سیر و ترتب منطقی مباحث فلسفی، موضوعات و مسائل، یکی پس از دیگری عنوان شده و نسبت به یکدیگر ارزیابی و تضعیف و تقویت می‌شوند.
در این شیوه ما با سیستم فکری و اندیشه نظام مند یک فیلسوف یا مکتب به طور خاص مواجه نمی‌شویم، بلکه با آرا و نظریات فلاسفه و مکاتب مختلف به‌طور پراکنده و متفرق ضمن موضوعات و مباحث آشنا می‌شویم. روش آموزش مساله‌محور همچنان‌که اشاره شد، در آموزش علوم پایه و همچنین علوم تجربی و فنی امری رایج است، در حالی که شیوه آموزش در علوم انسانی مثل جامعه‌شناسی، روانشناسی و شاخه‌های مرتبط آنها پیچیده‌تر است.
به طور کلی فلسفه را به‌دلیل پایه‌ای بودن مسائل و به‌دلیل آنکه ترسیم خط پیشرفت و ارائه سخن نهایی در آن دشوار است، به دشواری می‌توان به شیوه مساله‌محور تدریس کرد چون در هر مبحث، یافتن سخن نهایی که بدون شک و یقین باشد، دشوار و بلکه غیرممکن است و هرگونه داوری مبتنی بر یک جهت‌گیری و سوگیری فلسفی خاص است و در بهترین حالت، استاد می‌تواند بکوشد تا آرای فلسفی را با کمترین داوری، شرح و تفسیر کند.
دقت در طرح مسائل، طبقه‌بندی دقیق مباحث، کوشش در طرح بی‌طرف و بدون جهت‌گیری مسائل و نزدیکی به روش آکادمیک تدریس علوم پایه از مزیت‌های روش مسئلهمحور است. گو اینکه این روش به تدقیق مباحث و گسستن از حب و بغض‌های فردی و گروهی کمک می‌کند و «ماقال» را بر «من‌قال» برتری می‌‌بخشد.
ضمن آنکه در این روش، زبان فلسفی در دراز‌مدت بیانی دقیق و شسته رفته می یابد و معیارهای روشن برای اصطلاحات فلسفی و به کارگیری آنها اهمیت می یابد. لازم به ذکر است این روش برای نوآموزان فلسفه از جهت آشنایی با مبادی، موضوعات، مسائل و اصطلاحات فلسفی مفید و قابل توجیه است.
چنانکه آمد، «در شیوه مسئلهمحور» ما با سیستم فکری هر فیلسوف و مکتب آشنا نمی‌شویم و این تفرق و تک‌افتادن مباحث گوناگون از یک‌سو و عدم آشنایی با مبانی فکری و کلیت نظام فلسفی هر یک از مکاتب یا فلاسفه مزبور از سوی دیگر، مانع جدی‌ای در فهم دقیق، روشن و کامل رای و اندیشه آنان در هر مساله خواهد بود. به‌ویژه که اندیشه بشر و خصوصا تاملات فلسفی او، امری نظام‌مند، سیستماتیک و دستگاهی است و مولفه‌های فکری هیچ متفکری را نمی‌توان به‌طور جدا از یکدیگر به‌خوبی فهمید.» همچنین روش مسئلهمحور، فاقد درک تاریخی در بررسی مسائل است.
نظر شما