مرکز پژوهشها، گزارش بانک مرکزی را با وجود پرداختن بیشتر به نقاط قوت و مثبت در مجموع گامی در جهت تحلیل دقیق‌تر و عبرت‌آموزی از تجربه برنامه سوم توسعه دانست و افزود: هر چند این گزارش با تاخیر نسبتاً قابل توجهی نسبت به پایان دوره برنامه سوم (نزدیک به یک سال تاخیر) منتشر شده لکن حاوی نکات مهمی در مورد نقاط قوت عملکرد برنامه است، ضمن این که برخی کاستی‌ها نیز در آن به چشم می‌خورند.
در بخش دیگری از نقد دفتر مطالعات اقتصادی مرکز پژوهشها، برنامه سوم، گامی رو به کمال در روند برنامه‌ریزی اقتصادی و توسعه ایران ذکر شده و آمده است: با این وصف نمی‌توان برخی ضعفها و نقدهای عمده وارد بر این برنامه را نادیده گرفت، از جمله این که عدم نهادسازی‌های مناسب طی برنامه سوم تداوم یافته و عدم اصلاح ساختار غیررقابتی صنایع کشور و حجم بالای تصدی دولت، نامناسب بودن محیط کسب و کار و موانع پیش‌روی کارآفرینان صنعتی مانع از تحقق بخشی از اهداف مورد نظر و تکرار این وضعیت در برنامه‌های بعدی شده است، در نتیجه گرچه سهم ارزش افزوده بخشی مانند صنعت – طی برنامه مورد بررسی - نسبت به تولید ملی در حال افزایش بوده اما سرعت رشد آن نسبت به رقبای خارجی بسیار پایین‌تر بوده است.
از سوی دیگر یکی از معضلات برنامه سوم عدم انضباط و پایبندی دولت به احکام وضع شده در برنامه بوده در حالی که گزارش بانک مرکزی هیچ تصویری از بخشهای به اجرا در نیامده در قانون و احکام برنامه سوم ارائه نمی‌دهد.
در بخش دیگری از این نقد کارشناسی آمده است: گرچه به برکت افزایش قیمت‌های جهانی نفت و برنامه‌های رشدگرایانه دولت، نرخ رشد اقتصادی تا حد قابل قبولی نسبت به اهداف برنامه – سوم – تامین شد اما بی‌توجهی به اصلاح ساختارهای رانتی و مفاسد اقتصادی که ضمن اتلاف منابع ملی و ناکارآیی، موجب تداوم تبعیض و توزیع ناعادلانه – ثروت - گردید جزء ناکامی‌های برنامه سوم به شمار می‌رود به نحوی که هم پرونده‌های تخلف مالی و اقتصادی در سازمان بازرسی کل کشور روندی صعودی داشت و هم تشکیل ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی (با حضور روسای سه قوه) موفق عمل نکرد.
این در حالی است که بهبود نسبی شاخص‌های رایج توزیع درآمد طی سال‌های برنامه سوم، چنانچه با اصلاح ریشه‌ای رانت‌ها، مفاسد مالی و ناشایسته سالاری اقتصادی کامل نشود، به باز تولید معضل خواهد انجامید.
در همین حال عدم موفقیت دولت جهت رفع موانع اساسی توسعه تولید و رشد کسب و کار در طی سال‌های برنامه سوم نیز تداوم داشته به نحوی که نه در الزامات قانون برنامه و نه در نظر مجریان، جایی برای تصمیم‌گیری پیرامون موانعی همچون نظام تصمیم‌گیری در اقتصاد ایران، حل ریشه‌ای بیماری هلندی و عوارض آن، اصلاح محیط کسب و کار ، افزایش رقابت و بهره‌وری و امثال اینها در نظر گرفته نشده و در مقابل برای حل مشکلات مهمی مانند اشتغال و تولید، برخی راهکارهای سطحی مانند طرح ضربتی اشتغال به مورد اجرا درآمده که در نهایت نیز به اهداف واقعی خود نرسیده است.
مرکز پژوهشها همچنین در ادامه نقد خود، بخشهای مورد غفلت واقع شده و نیز مصادیق ارزیابی ناقص در گزارش بانک مرکزی پیرامون عملکرد برنامه سوم را تبیین کرده است.
نظر شما